Pada hari ini 7 September dalam tahun 1895, jenazah Almarhum Sultan Abu Bakar dimakamkan di Makam Diraja Mahmudiah Johor Bharu, Johor.
Baginda mangkat di Bailey’s Hotel, South Kensington (2 km dari Istana Kensington kediaman Ratu Victoria), London pada 4 Jun 1895, jam 8.15 malam. Putera dan Cucu Ratu Victoria iaitu Prince of Wales, Edward VII dan Duke of Saxe-Coburg, Charles Edward berada disamping ketika baginda menghembuskan nafas terakhir.
Jenazah Almarhum telah dibawa pulang dari London dengan menggunakan khidmat syarikat perkapalan P&0 yang bernama Bombay atas perkenan baginda Ratu Victoria memandangkan baginda ratu menganggap Sultan Abu Bakar dan Johor sebagai sahabat yang paling bernilai.
Pada 28 Ogos 1895, jenazah Almarhum tiba di pelabuhan Pulau Pinang, yang kemudiannya dipindahkan ke sebuah kapal perang Inggeris, H.M.S Mercury menuju ke Singapura. Setelah sampai di Singapura pada 30 Ogos 1895, jenazah tersebut telah dibawa ke Johor Bahru dan disemayamkan di peterakna Istana Besar Johor Bahru.
Almarhum Sultan Abu Bakar, yang terkenal sebagai Bapa Johor Moden telah dimasyurkan menjadi Sultan Johor pada 29 Julai 1886. Sebelum ini baginda digelar sebagai Maharaja Abu Bakar. Sepanjang pemerintahan baginda banyak pembaharuan dan pembangunan dibuat di negeri Johor.
Di samping itu kecekapan pentadbiran baginda telah menggagalkan rancangan Inggeris untuk menarik negeri Johor ke dalam pentadbiran Sistem Residen. Berita kemangkatan Almarhum Sultan Abu Bakar ini telah tersebar luas di benua Eropah dan England. Diantara kenamaan yang mengucapkan takziah diatas kemangkatan baginda ialah Emperor Germany Wilhelm II, Emperor Russia Nicholas II, Nasrullah Khan dan Lord Ripon.
Almarhum Sultan Abu Bakar telah diganti oleh Putera Mahkota Tengku Ibrahim menjadi Sultan Yang Dipertuan Negeri Jajahan Johor bergelar Sultan Ibrahim dan telah diistiharkan pada jam 11 pagi di Balai Zahrah atau disebut Balai Cengkih.
